Cumhurbaşkanı Abdullah Gül, YÖK Başkanlığı'nın yanı sıra 2011 yılına kadar eski dönemde atanan rektörlerin tamamını da değiştirmiş olacak.
5 Eylül'de Eskişehir Osmangazi Üniversitesi'ne ilk rektör atamasını yapan Gül, Hacettepe, Galatasaray, Selçuk, Karabük, Bilecik üniversitelerine de rektör ataması yapacak. Görev süresi 4 yıl olan ve bu süreyi dolduran YÖK üyelerinin yerine de atama yapacak olan
Gül, Osmangazi Üniversitesi'ne yaptığı ilk atamada Sezer'e benzer bir atama yapmış ve en yüksek oyu alan adayı değil, ikinci sırada yer alan Prof. Dr. Fazıl Tekin'i rektör olarak atamıştı. YÖK, üniversitelerindeki seçimlerde öğretim üyelerinden yüksek oy alan bazı rektör adaylarının isimlerini Çankaya Köşkü'ne gönderilen atama listesinden çıkardı. Bilecik Üniversitesi'nde birinci olan Prof. Dr. Mehmet Duman, Hacettepe Üniversitesi'nde üçüncü olan Prof. Dr. Murat Tuncer, Selçuk Üniversitesi'nde üçüncü olan Prof. Dr. Safa Kapıcıoğlu'nun ismi YÖK'ün Köşk'e sunduğu listelerde yer almadı.
Atanacak rektörler şöyle:
- 2007: Eskişehir Osmangazi, Hacettepe, Selçuk üniversiteleri
- 2008: Galatasaray, Ankara, Atatürk, Boğaziçi, Cumhuriyet, Çukurova, Dicle, Dokuz Eylül, Ege, Erciyes, Fırat, Gazi, Gaziantep, İnönü, İstanbul Teknik, Karadeniz Teknik, Ondokuz Mayıs, ODTÜ, Süleyman Demirel, Trakya, Uludağ, Yıldız Teknik.
- 2009: İstanbul, Niğde.
- 2010: Anadolu, Abant İzzet Baysal, Kırıkkale, Marmara, Adnan Menderes, Balıkesir, Celal Bayar, Gaziosmanpaşa, Gebze Yüksek Teknoloji, İzmir Yüksek Teknoloji, Kafkas, Kahramanmaraş Sütçü İmam, Kocaeli, Mersin, Muğla, Mustafa Kemal, Sakarya, Zonguldak Karaelmas, Mimar Sinan Güzel Sanatlar
- 2011: Pamukkale, Dumlupınar, Afyon Kocatepe, Çanakkale 18 Mart, Van Yüzüncü Yıl, Harran, Adıyaman, Aksaray, Ahi Evran, Amasya, Bozok, Düzce, Erzincan, Giresun, Hitit, Uşak, Ordu, Rize, Kastamonu, Mehmet Akif Ersoy, Namık Kemal, Sinop, Eskişehir Osmangazi
Atanacak YÖK üyeleri ise şöyle:
- 2007: Erdoğan Teziç (8 Aralık), Necmi Yüzbaşıoğu (17 Aralık)
- 2008: Ergin Nami Nomer (Ocak), İlhan Tekeli (Ocak), Ethem Tolga (Eylül), Bülent Zülfikar (Eylül)
- 2009: Atilla Eriş (Ocak), İsa Eşme (Şubat), Halis Ayhan (Şubat), Engin Ataç (Temmuz), Tunçalp Özgen (Temmuz), Fikret Şenses (Eylül), Aybar Ertepınar (Ekim), Emin Kuz (Ekim), Yekta Saraç (Ekim)
- 2010: Enver Hasanoğlu (Haziran), Ali Ekrem Özkul (Aralık).
- 2011: İzzet Özgenç (Mart)
Bu arada, yüksek oy almasına karşın ismi YÖK tarafından veto edilen Prof. Dr. Murat Tuncer, Danıştay ve İdari Mahkeme'ye dava açtığını belirterek, "Yalan yanlış şeylerle, tutarsız isnatlarda bulunmak yanlış. YÖK bilimsel çalışmalı. İsmimin neden çıkartıldığını mahkeme aracılığıyla YÖK'e sordum" dedi.