Malkara’nın Eski Çağ tarihi ile ilgili yeterli bilgi bulunmamakla beraber MÖ.VI.yüzyılda Persler tarafından kurulduğu sanılmaktadır.
Tarihi kaynaklarda, Pers Kralı Kserkes zamanında Yunan şehirleri ile yapılan savaşlar ( Pers savaşları ) sırasında, Malkara’ya çok yakın olan Gürgen bayırı denilen yerde bir kalenin yapıldığı öğrenilmektedir. Bu kale civarında birçok yılan bulunduğundan ve kaleye bu nedenden ötürü Farsça Margar ve Margaar adı verilmiştir. Malkara sözü, yılanlı mağara veya yılanlı kale anlamına gelmektedir.
MÖ.IV.yüzyıl başlarında yöreyi ele geçiren Büyük İskender, Pers egemenliğini sona erdirmiş ve buradaki Odrys Devleti’ni Makedonya Krallığı’na bağlamıştır. Daha sonra Galat akınlarına uğrayan yöre, İskender’in ölümünden sonra Seleukosların hakimiyetine girmiştir. Malkara Trakya ile birlikte, MÖ.168’de Roma egemenliğine girmiştir.
MS.395 – 1354 Roma İmparatorluğu’nun 395 yılında ikiye ayrılmasından sonra Magalohora ve Migalogora isimleri ile tanınan Malkara Bizans (Doğu Roma) İmparatorluğu’nun toprakları içerisinde kalmıştır. MS.IV.yüzyılda Gotların, Bizans döneminde de Avarlar ile Slavların istilalarına uğramıştır. VII.yüzyılda Araplar, VIII.yüzyılda Bulgarlar, XII.yüzyılda Peçenekler tarafından yağmalanmıştır. XI.yüzyılda Bizans’ın Trakya Theması sınırları içerisinde yer almıştır.