Klazomenai, İzmir, Çeşme karayolundan ulaşılan Urla İskelesi yanındaki Kilisman’ın (Kızılbahçe) yakınındadır. Kent 9.65 km. uzunluğunda dar bir geçit ile ana karaya bağlanan küçük bir adacığın üzerindedir. Klazomenai ismi Hellen dilinde,”bir kehanetle kendilerine yol, çevre gösteren” anlamındadır. Luwi/Pelasg dilindeki Kalassumna (İskele Kenti Halkı) ile bağlantılı olduğu sanılmaktadır.
Klazomenai, İon göçünden önce kurulmuştur. Pausinias, İonların buraya gelişinden önce herhangi bir yerleşmenin olmadığını söylerse de, Urla İskelesinin doğusundaki tepede M.Ö. 1200’lerden çok daha öncesine ait çanak çömlek parçaları ile karşılaşılmıştır. İon göçünden sonra bir grup Hellen göçmeni Kolophon antik kentinden kendilerine bir önder alarak Troas bölgesindeki İda dağının eteklerinde kendilerine bir kent kurmuşlardır. Kısa bir süre sonra bu topluluk burasını terk ederek Kolophon’un olduğu yere yerleşmişler ve oraya Klazomenai demişlerdir. Böylece Klazomenai, başlangıçta adada olmayıp karada kurulmuştur. Nitekim Strabon da ana karada bir zamanlar Klazomenai’lilerin yaşadıkları “Khytion” isimli bir yerden söz etmiştir. Bu yörede yapılan arkeolojik kazılar M.Ö. VI. yy.a tarihlenen oldukça yaygın bir alana dağılmış boyalı pişmiş topraktan lahitleri ortaya çıkarmıştır. Bugün bunlardan birkaç örnek İzmir Arkeoloji Müzesindedir.
Eski Klazomenai’lilerin yerleşmiş oldukları bu eski alanı belirleyen Prof.J.M.Cook ayrıca tepenin 1,5 km. güney-batısında M.Ö.VI.yüzyıl öncesine de tarihlenen keramikleri ortaya çıkarmasına karşılık yapı kalıntıları ile karşılaşmamıştır. Yunanlı Arkeolog G.P.Oikonomos’un aynı yerde 1921-1922’de yaptığı araştırmalarda ise seksene yakın Klazomenai lahitleri ile karşılaşmıştır.
Lydia Krallığı, Batı Anadolu kıyılarındaki İon kentlerini kendileri için tehlikeli görmüş, sürekli onlarla savaşmıştır. M.Ö. 600’de Lydia Kralı Aliattes Klazomenai’yi kuşatmışsa da ele geçirememiştir.
İon birliği üyesi olan Klazomenai’liler Perslerin baskısından ve hücumundan bezerek yaşadıkları yerleri terk edip karşılarındaki adaya taşınmışlardır. Bu yer değişikliğinin M.Ö. 546’da Perslerin Kroisas’u yenerek Ege kıyılarına inişinden sonra gerçekleştiği sanılmaktadır. Keramik buluntularının M.Ö. VI.yüzyıl sonlarına kadar tarihlenmiş olması bu değişikliğin İonia ayaklanmasından ( M.Ö.500-494) kaynaklandığının belirtisi olmalıdır. M.Ö.V.yüzyılda Klazomenai kara ile hiçbir bağlantısı olmayan, yalnızca bir ada kent görünümünde idi. Bundan sonra Delos Deniz Birliğine 1.5 talent vergi ödemiş, Peleponnesos savaşlarına olan katkısından ötürü de bu vergi önce 6 talente, sonra da 15 talente yükseltilmiştir. Spartalılar Klazomenai’yi Atina’ya baş kaldırmaya zorlamışlardır. Bunun üzerine Klazomenai’liler yerlerini terk ederek ana karaya geçerek “Polikhra” isimli bir yeri ele geçirerek oraya yerleşmişlerdir. Bu durumdan hoşlanmayan Atina “Polikhra” yı kuşatarak Klazomenai’lileri adalarına geri dönmeye zorlamışlardır. Bundan sonra da Klazomenai Atina Birliğine yeniden katılmıştır.
M.Ö.386’da Hellen-Pers savaşları sona erip Kral Barışı yapıldığında da Persler, Kypros (Kıbrıs) adası ile Klazomenai adasının kendilerine verilmesini istemişlerdir. Kral Barışı antlaşmasından elli yıl sonra da Anadolu’yu ele geçiren Büyük İskender, Klazomenai’yi iki stad uzaklıktaki ana karaya bir geçit ile bağlanmasını istemiştir. Kral Barışı öncesinde Klazomenai’de iç çekişmeler sürüp gitmiştir. Nitekim M.Ö.387’de taşa yazılmış bir Atina kararnamesinde, Khyton’dakiler ile bir ateş kese gidilmesi,tutsakların ne olacağı konusunda Klazomenai halkına karar verme özgürlüğünün tanınmış olduğu öğrenilmiştir.
Bunun yanı sıra Aristotales’in M.Ö. 330’da yazmış olduğu bir eserde Klazomenai’lilerin iki ayrı kesiminde tam bir ayrılık olduğu belirtilmiştir. Buradan da bir ada kenti olan Klazomenai ile ana karadaki Khyton’dan söz edilmek istendiği anlaşılmaktadır. Öte yandan Strabon da Khyton için Klazomenai’lilerin bir zamanlar yaşadıkları yer olarak söz etmiştir.
Klazomenai’den Antik Çağın iki seçkin filozofu yetişmiştir. Bunlardan biri M.Ö.500 yıllarında yaşamış olan Anaksagoras, diğeri de Skopelianus’dur.
Klazomenai arkeolojik kalıntı ve buluntu yönünden çok zengin değildir. Kent yüzyıllar boyunca, hücuma uğramış,soyulmuş, yapıların taşları yerlerinden sökülerek götürülmüştür. Kara ile bağlantısını sağlayan geçidi Chandler 1794 de atla geçmiş, 9.15 m. genişliğinde olduğunu belirtmiştir.
Bugünkü geçit ise 6.40 m.dir. Klazomenai’de ilk arkeolojik kazılar Yunan işgali sırasında 1921-1922’de yapılmıştır. Yunan Arkeoloji Kurumu’nun desteklediği kazılarda, Urla iskelesi güneyinde geniş bir nekropolle karşılaşılmıştır. Burada ilk dönem kazılarında M.Ö. 600 yıllarına ait 40 ölü küpü, ertesi yılda 40 lahit bulunmuştur.
Prof.James Cook’un 1950’de yörede yaptığı yüzey araştırmasından sonra Prof.Dr.Güven Bakır Klazomenai kazılarını sürdürmektedir. Prof.Dr.Güven Bakır'ın yapmış olduğu kazılarda İonialılara ait yerleşim alanları ve mezarlar ortaya çıkmıştır. Kazılar sırasında çevreden biraz daha yüksekte olan bir alanın altında antik bulgularla karşılaşacağını düşünen Güven Bakır, aynı yerde çok sayıda kuyular ve çukurlarla karşılaşmıştır. Bunların özel amaçla derinleştirildiklerini görmüş ve yapılan inceleme sonunda bu çukurların, antik çağın zeytinyağı depoları olduğunu tespit etmiştir. Benzerlerine Girit, ispanya ve Kıbrıs'ta rastlanan bu tür kuyular Roma döneminde de işlerliğini korumuştur. Ayrıca bu kuyularda kerpiç, ağaç ve sazlardan oluşan malzemeler kullanılmış, zeytinyağının kokusu bozulmasın diye de meşe ağacından yararlanılmıştır.
Günümüzde Türkiye'nin en eski zeytinyağı üretim merkezi olan Klozomenai'nin MÖ.600'de yapılan zeytinyağı üretimi, Girit'ten getirilen değirmen taşlarıyla Unilever şirketinin sponsorluğu ile yeniden yapılmaktadır.
Antik kentin limanı adanın batısındaki koydadır. Bugün koyun kuzeyinde hemen hemen tümü su altında kalmış olan liman taşları görülebilmektedir.
Adanın kuzey ucunda da bazı taşları denizin dibinde görülen iskelenin kalıntıları dikkati çekmektedir. Adanın kuzeyindeki tepenin kuzey yamacında ise kentin tiyatrosu yerleştirilmiştir. Anadolu antik tiyatrolarına göre oldukça küçük ölçüdeki bu tiyatronun yamaçtaki temel çukurlarından başka hiçbir kalıntısı günümüze gelememiştir. Bu tiyatronun biraz üzerinde, tepenin en üst noktasındaki dikdörtgen bir başka çukurun ise bir mabede ait olabileceği düşünülmüştür. Ancak Klazomenai’nin kalıntılarına ait taşlar yakınındaki diğer İon kentlerinde olduğu gibi yeni yapılanmalardan ötürü yağmalanmıştır.
Pausanias, Klazomenai’de Pyrrhos’n anasının mağarası olarak tanımlanan bir mağaraya değinmiştir. Bugün kıyının yakınındaki ayazma olarak bilinen bir mağara ile içerisindeki kuyunun Pausanias’ın sözünü ettiği mağara olması akla yakın gelmektedir.