Bugünkü Kırkağaç’ın bulunduğu yerde olduğu sanılan Khlıara ile ilgili bilgilerimiz yetersizdir.Bu isim Hellen dilinde ılık anlamına gelirse de Prof. B.Umar, bunun Anadolu kökenli kula-ura’dan türetildiğini belirtir.
Khlıara’nın tarihi karanlık olmasına karşılık Kırkağaç ovasının ortasında höyük konumunda olduğu bilinmektedir. Buradaki yapı taşları çevredeki yeni yapılanmalarda kullanılmak için söküldüğünden günümüze hiçbir kalıntı gelmemiştir. Yalnızca höyüğün üzerinde Roma ve Bizans dönemlerine tarihlenen çok sayıda çanak çömlek parçaları bulunmuştur.
Roma döneminde kent konumunda olmayan küçük bir yerleşim birimi konumundaysa da Bizans İmparatoru Manuel Komnenos tarafından XII.yüzyılda geliştirilmiştir. Tarihi kaynaklara Bizanslıların Selçuklular ve bazı Beyliklerle yaptığı savaşlarda ismi geçmektedir. Burada yaşayanlar Ortaçağın sonlarına doğru Arap akınlarından zarar görmüş ve kenti terk etmişlerdir. Sonraki yıllarda da Khlıara’nın 5 km. kuzeybatısında bugünkü Kırkağaç kurulmuştur.