Trabzon Belediyesi’nin arkasında, Taksim Meydanı’nda olan İskender Paşa Camisi’nin giriş kapısı üzerinde h.936 (1529) tarihli kitabesi bulunmaktadır. Ayrıca burada 1882 yılında onarıldığını gösteren bir başka kitabe daha bulunmaktadır. XVI. Yüzyılda, 1512 yılında Trabzon Valiliğine getirilen İskender Paşa tarafından yaptırıldığı bilinmektedir. Caminin avlusunda bulunan medresesi yıkılmış, batı yönündeki haziresi de kaldırılmıştır. Cami değişik zamanlarda yapılan onarımlarla orijinalliğinden uzaklaşmıştır.

Evliya Çelebi bu yapıdan şöyle söz etmektedir:

“Kâfir meydanı diye bilinen meydanın doğu tarafında, yekpare mavi kubbeli bir camidir. İçeriden güzel bir minaresi vardır. Ayrıca cami avlusunun kuzeyinde birçok odalarla süslenmiş mamur bir okutma yeri vardır ki talebesinin belirli vazifeleri olduğu söylenir”.

Evliya Çelebi’nin külliye olarak sözünü ettiği bu yapı topluluğundan günümüze yalnızca camisi ile çeşmesi gelebilmiştir.

Kesme taştan yapılan İskender Paşa Camisi, Gülbahar Hatun Camisi ile birlikte h.1301 (1803) yılında onarım geçirmiş, ana kubbenin dayandığı kuzey duvarı kaldırılmış, bunun yerini iki sütun almış ve ağırlık buraya verilmiştir. Böylece kubbe duvarı geriye çekilmiş, ibadet yeri genişletilmiş ve ön bölüme de bir son cemaat yeri eklenmiştir. Geniş kemerli beş bölümlü son cemaat yeri XIX. yüzyıl özellikleri göstermekte olup, dış portal üzerindeki h.1301 (1803) tarihi konuya açıklık getirmiştir. Yanları kapalı olan son cemaat sütunlarının kare kaide ve başlıklı oluşlarının yanı sıra ahşap bir çatı ile örtülü oluşları buraya ilginç bir görünüm kazandırmıştır.

İbadet mekânı dıştan kiremit kaplı tek bir kubbenin örttüğü kare plânlıdır. Kuzey yönünden kubbenin örtemediği bölümler tromplu küçük kubbelerle tamamlanmıştır. Barok-ampir karışımı bezemeye sahip olan mihrap orijinal değildir. Konak Camisi, yeni Cuma Camisi ve Çarşı Camisi mihrapları ile benzerlik gösteren mihrabın bordürlerinde stilize bitki motifleri, helozoni şekiller ve asma yapraklarından oluşan bir bezemeye yer verilmiştir. Cami içerisindeki bezemelerde de geç devir özellikleri gösteren kalem işleri ile karşılaşılmaktadır. Mermer minberin her iki yanında yüksek kabartma motifleri ile rozetler dikkati çekmektedir.

Caminin içerisinden çıkılan minare sekizgen bir kaide üzerine oturan bir sıra taş, beş sıra tuğladan meydana gelmiştir. Şerefe altlarında da tuğladan yapılmış bezemeler olup korkuluklarında taşa işlenmiş dairevi motifler ve rozetlerle süslenmiştir.

İskender Paşa’nın mezarı h.948 (1535–1536) caminin batısındadır.