Şahnihisar Mahallesi’nde Alaca Sokak’tadır. Kitabesinden 1862 yılında Ali Şuuri tarafından yaptırıldığı öğrenilmiştir. Medrese 1897 depreminde yıkılmış, 1906’da Kadı Abdülhalim’in yardımı ile yeniden yapılmıştır. Bu yüzden de Yeni Medrese olarak tanınmıştır. Milli Mücadele yıllarında Balıkesir Kongresi burada yapılmış, 1920’de “Milli Alay Karargâhı ve Sevkiyat Dairesi” olarak kullanılmıştır. Günümüzde İlköğretim Okulu olarak kullanılmaktadır.
Yapıldığı tarihten bu yana değişikliklere uğrayan medrese dikdörtgen planlı olup, ortadaki açık avlusunu ahşap sütunlu düz çatılı revaklar çevirmektedir. Bunların etrafında düz tavanlı on beş medrese odası bulunmaktadır. Medresenin giriş kapısı düz ve kesme taştan inşa edilmiştir.
Kenthaber Kültür Kurulu