İstanbul Sarıyer ilçesi, Emirgan’da bulunan bu yalı, Bizanslıların Selvili Orman (Kyparades) ismini yakıştırdığı yörede bulunmaktadır. XIX. yüzyılın ikinci yarısına kadar Miriye ait olan Emirgan’ı Sultan III. Mehmet (1593–1603) Osmanlı İmparatorluğu’nun kuruluşundan Sultan III. Murat (1574–1595) devrine kadar uzanan tüm resmi yazışmaları kitap halinde derleyen Nişancı Feridun Paşa’ya vermişti. Bundan böyle de günümüzün Emirgan’ı Nişancı Feridun Bey’in yazlık bahçesi olmuş ve Nişancı Feridun Bey Bahçesi olarak anılmıştır.

Sultan IV. Murat (1623–1640) Revan seferi sırasında kendisine Revan Kalesi’ni teslim eden Emirgüneoğlu Tahmasb Kuli Han’ı, kethüdası Murat Ağa’yı ve adamlarının hayatlarını bağışlamıştır. Bu arada Yusuf ismini alan Emirgüne Han’a murassa kılıç, hançer vermiş ve üç hil’at giydirdikten sonra üç tuğ ile Halep Valisi yapmıştır. Kethüdası Murat Ağa da Beylerbeylik rütbesi ile Trablusşam’a gönderilmiştir. Kısa bir süre sonra Yusuf Ağa idam, Emirgüneoğlu da azl olmuştur. Sultan Murat son derece zeki hoşsohbet bir kişi olan Emirgüneoğlu’na haslar ile Feridun Bey bahçelerini vermiş ve onu kendisine Musahip yapmıştır. Emirgüneoğlu da Feridun Bey bahçelerinde kendisine sahil saray niteliğinde bir yalı yaptırmıştır. Bu yapıdan Evliya Çelebi de söz etmiştir:
“Cümle kapısı tarzı Acem üzere tarh olunmuş, dört duvarı billurdan bir hamamı vardır. Gül ve gülistan içinde bulunan bu hamamdan bülbüllerin yuvalarında yavrularını besledikleri seyredilir. Bu bağın dışında binlerce ağaç vardır.”

Zarif Orgun’dan öğrenildiğine göre de; “Feridun Bey bahçeleri denmekle malum Emirgüneoğlu Yusuf’un Naip ve Mutasarrıf olduğu bahçe ki hududu sahil-i bahirde vaki ayazmadan Müslüman mezarlığına ve oradan Tırnakçızade Mehmet’in bağına ve ondan çeşmebaşı nam mevki denilerek binaların anlatılmasına geçilmiş, altı bab oda, sofa, büyük iki şahnişin, dehliz ve büyük havuzlu hamam akarsu, mutfak, kiler, yanında odalar ve bahçede meyve ağaçları ve diğer ağaçlarla su haznesi, büyük ahır, şahnişinli büyük oda ve üstünde üç şahnişinli ve şadırvanlı, altın yaldızlı, çinili oda ve şahnişinli odaya bitişik diğer odalar, üç dehliz ve bahçede bir kameriye ve su haznesi üzerinde bir köşk, dört oda, su dolabı ve bir dalyan ve bu hudut içerisinde tahminen 170 kile tohum ekilen tarlalar…”

Emirgüneoğlu’nun Emirgan’daki güzel günleri çok uzun sürmemiş, Sultan IV. Murat’ın (1623–1640) ölümünden sonra, iyi bir de ün yapmadığından ötürü idam edilmiştir. Bundan sonra malına mülküne el konmuş, Boğaziçi’ndeki bahçeleri, yalısı Sadrazam Kemankeş Mustafa Paşa’ya verilmiştir.

Tarihi kaynaklar Emirgan’daki yalının sürekli el değiştirdiğinden söz etmiştir. Sultan III. Mustafa’nın (1695–1703) emri ile önce devrin ilmiye ricalinden Mirza Mustafa Efendi’ye, onun 1722 yılında yalıda ölümünden sonra oğlu Mehmet Emin Salim Efendi’ye, Şeyhülislâm Vassaf Abdullah Efendi’ye, onun ölümünden sonra da oğlu Esat Efendi’ye geçmiştir. Esat Efendi’nin mirasçısı olmadan ölümünden sonra Sultan I. Abdülhamit (1774–1789) burada cami, hamam ve dükkânlar yaptırmış, yalının bulunduğu çevre de küçük bir köye dönüşmüştür.

Emirgan Yalısı Sultan II. Mahmut (1789–1807) zamanında yapılan Bostancıbaşı Defterlerinde Hazine-i Hümayun Baş Yazıcısı Feyzi Beyzade Mehmet Bey’in üzerinde görülmüştür. Daha sonraki yıllarda da Asakir-i Mansure-i Muhammediye Seraskeri Vidinli A.Hüseyin Paşa’ya 1828-1829’da satılmıştır. Bundan sonra Mekke Emiri Şerif Abdiillah Paşa bu yalıyı satın almış, onun ölümü ile de Sait Çiftçi’ye satılmıştır. Yalının selamlık bölümü Kültür Bakanlığı tarafından 1968 yılında kamulaştırılmıştır. Harem bölümünde ise Sait Çiftçiler’e ait bir köşk bulunmaktadır. İstanbul’da 1840–1850 yıllarında yaşamış olan ve Ayasofya’yı onaran G. Fosatti Vidinli Hüseyin Paşa Köşkü ismi ile bu yapının bir de rölövesini çizmiştir.

Emirgan Yalısı harem ve selamlık olmak üzere ahşap ve iki ayrı bölümden meydana gelmiştir. Çeşitli ağaç ve çiçek bahçeleri ile kaplı geniş bir alan içerisindeki selamlığın bol ışıklı geniş pencereleri vardı. Selamlık ve harem arasında geçişi sağlayan direkler üzerindeki asma köprü her iki yapıyı da birbirine bağlıyordu. Yalı halkının bahçeye inmeden doğrudan doğruya selamlıktan hareme geçişini sağlayan bu köprü 1946 yılında yıktırılarak ortadan kaldırılmıştır. İstanbul Üniversitesi Kütüphanesindeki Sultan II. Abdülhamit devri fotoğraf albümündeki resimlerde bu köprü açıkça görülmektedir.

Emirgan Yalısı’nın haremi günümüze gelememiştir. Selamlık kısmı şahnişinli, yonca planlı olup, ana salonunun üç cephesinde sıralanmış pencereler ile denize açılmış bir divanhane görünümündedir. Amcazade Hüseyin Paşa Yalısı’nın yazlık divanhanesini hatırlatan bu salonun ortasına fıskiyeli bir de havuz yerleştirilmiştir. Selamlığın alt katı deniz tarafındaki penceresiz taş duvarların ardında kalmış, içeriye giriş yandaki yedi basamaklı bir merdivenle sağlanmıştır. İlk yapıldığı dönemde burada bir de kayıkhane bulunuyordu. Yalının önünden geçen yol nedeni ile bu kayıkhane iptal edilmiştir. Yalının sahanlığının sağında bahçeye aşılan bol ışık alan camekânlı bir yemek odası solda da küçük bir oda vardır. Yalının tüm odalarının duvarları, tavanları yağlı boya resimlerle bezenmiştir. Aynı zamanda yaldızlı nakışlar, çiçek bezemeli motifler de onları tamamlamıştır. Bu bezemeler barok üslupta olup, Topkapı Sarayı harem dairesi ile benzerlikler göstermektedir. Bu bezemeler Çanakkale Bayramiç ilçesindeki 1789 tarihli Hadimoğlu Konağı ile de benzerlik göstermektedir.

Yalı bahçesinde XX. yüzyılın ilk yarısında yapılmış üç katlı müştemilat bulunmaktadır. Bu bölüm Kültür Bakanlığı’nın misafirhanesi olarak kullanılmıştır.

Emirgan Yalısı’nın müze olarak düzenlenmesi düşünülmüş bunun için de Topkapı Sarayı, Türk ve İslam Eserleri Müzesi ve Divan Edebiyatı Müzesi’nden, dışarıdan satın alınan eserlerle döşenmiştir. Ancak müze kurulamamıştır.

Emirgan Yalısı 1980 yılından sonra Kültür Bakanlığı, Türk ve İslam Eserleri Müzesi’nin yönetimine geçmiş, restorasyonu ve iç bezemeleri yapılmıştır. Günümüzde Topkapı Sarayı Müzesi’nin yönetimindedir.