İstanbul Eminönü ilçesi, Beyazıt Meydanı’nda Sultan II. Beyazıd’ın (1481–1512) yaptırmış olduğu külliye cami, medrese, sıbyan mektebi, imaret, tabhane, hamam ve kervansaraydan meydana gelmiştir. Külliyenin yapımına 1500 yılında başlanmış, 1505 yılında da tamamlanmıştır. Mimar Hayreddin’in eseridir.

Sultan II. Beyazıd Külliyesi’nin bir bölümünü oluşturan medrese camiden biraz daha uzakta, bağımsız bir yapı olarak yapılmıştır. Sultan II. Beyazıd Vakfiyesinde bu medresenin ismine rastlanmamıştır. Ancak, Osmanlı arşivinde bulunan 1506 tarihli bir belgeden medresenin caminin yapımı bittikten sonra yapıldığı öğrenilmiştir. Bu belgeye göre de medresenin mimarı Yusuf Bin Papas, bina emini de Solakoğlu Ali’dir. Buna dayanılarak medresenin 1507 yılında yapımının tamamlandığı sanılmaktadır.

Medrese yapımından kısa bir süre sonra 1509 depreminde zarar görmüş, büyük bir bölümü yıkılmış, ardından onarılmıştır. Osmanlı eğitiminde önemli bir yeri olan bu medresede şeyhülislâmların ders verdikleri kaynaklardan öğrenilmektedir. Ayrıca devrinin ünlü kişilerinden Zembilli Ali Efendi, İbni Kemal de burada ders vermiştir.

Medrese 1911–1915 yılları arasında harap bir durumda kalmıştır. 1940 yılında İstanbul Vakıflar Başmüdürlüğü tarafından onarılmış, 1943 yılında Belediye Şehir Kütüphanesi olarak hizmet vermiştir. Belediye Şehir Kütüphanesi Taksim’deki yeni binasına 1983 yılında taşınmıştır. Günümüzde Vakıflar Genel Müdürlüğü’ne bağlı Vakıf Hat Sanatları Müzesi olarak hizmet vermektedir.

Medrese ilk yapıldığı yıllarda önündeki meydandan taş bir duvarla ayrılıyordu ve meydana açılan klasik üslupta bir kapısı vardı. 1940 yılında yapılan onarımdan sonra buradaki avlu duvarının bir bölümü ile avluya giriş kapısı yıktırılmıştır. 1956–1959 yılında Beyazıt Meydanı’nın düzenlenmesi ile de bu duvarlar tamamen kaldırılmış ve medrese ortada kalmıştır.

Kesme taştan yapılmış olan medrese 44.00x36.60 m. ölçüsünde dikdörtgen planlıdır. İç avlunun çevresini üç taraftan kubbeli revaklar çevrelemektedir. Buradaki revakların kemerleri taş payeler üzerine oturtulmuştur. Avlunun dördüncü kenarında dershane-mescit bulunmaktadır. Dershanenin üzeri 7.40 çapında bir kubbe ile örtülmüştür. Medresenin bütününde kesme taş kullanılmış olmasına rağmen dershane taş ve tuğla dizilerinden meydana gelmiştir.

Medresenin giriş kapısı sivri kemerli büyük bir eyvan içerisindedir. Bu eyvanın üst kısmında da camilerdeki giriş kapılarına benzer silmeler bulunmaktadır. Medresenin revakları arkasında kare planlı, üzerleri kubbeli 20 odası vardır. Odaların içerisinde ocak, dolap ve dışa yönelik pencereler bulunmaktadır. Medrese avlusunda bir şadırvana yer verilmiştir. Ayrıca bu avluda bir de güneş saati bulunmaktadır.