İstanbul ili Eminönü ilçesi, Beyazıt Meydanı’nda Sultan II. Bayazıt yapı topluluğunun bir bölümünü oluşturan türbe, Bayazıt Camisi’nin güneyinde, dış avlusunda bulunmaktadır. Türbeyi II. Bayazıt’ın (1481–1512) oğlu Yavuz Sultan Selim (1512–1520) caminin Kıble yönündeki boş alana yaptırmıştır. Türbenin mimarı kesinlik kazanamamakla birlikte Mimar Hayreddin olduğu sanılmaktadır. Sultan II. Bayazıt saltanatı oğlu Yavuz Sultan Selim’e bıraktıktan sonra Dimetoka’ya gönderilmiş, ancak çorlu yakınlarında ölmüştür. Bundan sonra İstanbul’a getirilerek kendi adına yaptırdığı camisine gömülmüştür. Sultan II. Bayazıt’ın 26 Mayıs 1512’de ölümü dikkate alındığında türbenin de 1513 yılının sonlarında veya 1514 yılının başında tamamlandığı sanılmaktadır.

Türbe Klasik Osmanlı türbe mimarisi formunda, köfeki taşından sekizgen planlı olup, her kenarı 5.35 m. ölçüsündedir. Üzeri sağır sekizgen kasnaklı bir kubbe ile örtülmüştür. Bu türbe Mimar Sinan öncesi Osmanlı devri mimarisi ile Klasik Osmanlı mimarisi arasında bir geçit teşkil etmektedir. Türbenin her kenarında altlı üstlü ikişer penceresi vardır. Türbeyi son derece güzel aydınlatan bu pencerelerin alt sıradakiler dövme demir parmaklıklı, dikdörtgen şekildedir. Bunların üzerinde tahfif kemerlerine yer verilmiştir. Üst sıra pencereler Klasik Osmanlı mimarisinde yaygın biçimde kullanılan basık sivri kemerlidir.

Giriş kısmındaki geniş saçaklı holün orijinali günümüze gelememiş, burası XVIII. yüzyılın sonlarına doğru yenilenmiştir. İki renkli taşlardan yapılmış kapı kemerinin üzerinde Besmele yazılıdır. Kapı kanatları kündekâri tekniğindedir. Ayrıca altın yaldızlı madeni kabaralarla süslenmişse de bunların hemen hemen hepsi yerlerinden sökülerek çalınmıştır. Kapı kanatlarının üst kısmındaki kitabelerde “Dünya ahiretin tarlasıdır” anlamında bir hadisi şerife yer verilmiştir.

Türbenin dış cephesinde yeşil ve somakilere de yer verilmiş ve böylece Osmanlı türbe mimarisindeki sadelikten kısmen uzaklaşılmıştır.
Türbe içerisindeki kalem işleri barok üslupta XVIII.-XIX. yüzyılda yapılmıştır. Bu kalem işlerinin Tanzimat döneminde yapıldığı ve 1940’lı yıllardan sonra caminin onarımı sırasında yenilendiği bilinmektedir. Ayrıca alt pencerelerin üzerlerine madalyonlar içerisinde manzara resimleri yapılmış, yine madalyonlar içerisinde Esma-ül Hüsna’ya yer verilmiştir.

Sultan II. Bayazıt’ın sandukası türbenin ortasına tek olarak yerleştirilmiştir. Sanduka sedef kaplamalı bir şebeke ile çevrilmiştir. Bu sandukanın üzerinde sarı simlerle Maraş işi tekniğinde Sultan II. Bayazıt’ın doğum, cülüc, saltanat süresi ve ölüm tarihini içeren bir kitabe işlenmiş, bunun üzerine de celi-sülüs yazı ile Kelime-i Şahadet ve Kuran’dan alınma diğer bölümler işlenmiştir.

Türbe İstanbul Türbeler Müzesi Müdürlüğü’nün yönetiminde olup, içerisindeki Kuran-ı Kerim, Lihye-i Saadet, şamdanlar, rahleler, levhalar ve kandiller müze deposuna kaldırılmıştır.

Sultan II. Bayazıt Türbesi’nin sol tarafında kızı Selçuk Sultan’ın, sağında ise Tanzimat döneminin önde gelenlerinden Mustafa Reşit Paşa’nın türbeleri bulunmaktadır.