Eminönü Meydanında, Mısır Çarşısının yanında bulunan, Sultan III. Mehmed’in annesi ve Sultan III. Murad’ın eşi Safiye Sultan adına 1597’de Mimar Davud Ağa tarafından yapımına başlanan caminin temeli 1957 yılında atılmıştır. Caminin inşaat alanının deniz seviyesinde ve dolma bir arazi olması nedeniyle temel çukurlarında su çıkmaya başlamış, bunun üzerine Mimar Davut Ağa, buraya büyük kazıklar çaktırarak bunların başlarını kurşun kuşaklarla birleştirmiş ve yapının temel taşlarını bu tabanlara oturtmuştur. 1598 yılında İstanbul’daki veba salgınında Mimar Davut Ağa’nın ölmesi üzerine, yapının mimarlığına Dalgıç Mehmed Çavuş getirilmiştir. İlk pencere taklarına kadar yükselen bina, 1603 yılında III.Mehmet ve Safiye Sultan’ın ölümü ve I.Ahmet’in tahta çıkması üzerine yarım kalmıştır.

Yarım yüzyıldan fazla (59 yıl) Sultan IV.Mehmet’in annesi Turhan Sultan tarafından 1660 yılında, duvarlarından bir sıra taş sökülerek yeniden başlatılmıştır. Bu kez mimarlığına Ser Mimar-ı Hassa Mustafa Ağa getirilmiş ve cami 1663’te tamamlanabilmiştir.

Yapı topluluğu cami, sıbyan mektebi, sebil, çeşme, hünkar kasrı ve türbeden oluşmaktaydı. Bunlardan sıbyan mektebi günümüze ulaşmamıştır.

Caminin etrafındaki yolların genişlemesi nedeni ile dış avlusu ortadan kaldırılmıştır. Mısır Çarşısı yönünde 18 sütunlu, 21 kubbeli ve üç kapılı olan iç avlunun ortasında güzel bir şadırvanı vardır. Sekiz sütun ve dokuz kubbeli son cemaat yeri ikinci kat pencere altlarına kadar çinilerle kaplıdır. Pencere üstlerinde de Hattat Tenekecizade Mustafa Çelebi’nin hatları vardır. Sağda ve solda üçer şerefeli iki minare yer almıştır. Kare planlı camiye merdivenle üç kapıdan girilir. Çinilerle süslü olan dört fil ayağına ve dört kemere oturan merkezi kubbeyi dört yarım kubbe desteklemektedir. Köşelerdeki dört kubbe ve köprü ile türbe önlerinde sütunlarla çevrili kubbelerle birlikte 66 kubbe bulunmaktadır. Mihrabı ve minberi beyaz mermerdendir. Mihrabın solunda değerli taşlarla süslü bir mozaik tablo bulunmaktadır.

Turhan Sultan için yapıldığı söylenen Hünkar Kasrı, klasik Türk evinin bütün özelliklerini taşıyan görkemli bir yapıdır. En güzel İstanbul panoramalarından birini seyredecek şekilde konumlanmıştır. Üç odalı ve bir salonludur. Duvarları desen ve şekillerle, değerli İznik çinileri ile kaplıdır. Ahşapları sedef ve fildişi kakmalıdır. 1948 yılına kadar bir depo olarak kullanılmıştır.1948 ve 1966 yıllarında restore edildikten sonra 1967 yılında müze olarak açılmışsa da kısa bir süre sonra kapatılmış ve yeniden depo olarak kullanılmıştır. Ardından bu tarihi yapı kiraya verilmiş, 2002 yılında da Hünkâr Kasrı’nın içerisine giren hırsızlar, XVI. ve XVII.yüzyılın en güzel örneği olan çini panolarının bazılarını sökerek götürmüşlerdir.

Günümüzde Osmanlı mimarisinin bir biblo kadar güzel olan bu eserinin çatısından içeriye sular sızmakta ve perişan haldedir.

Yeni Cami külliyesinden Mısır Çarşısı yanında Turhan Hatice Sultan’ın türbesi bulunmaktadır. Türbenin içerisi çağının en güzel çinileriyle bezenmiş olup, Turhan Hatice Sultan’dan başka Sultan IV.Mehmet, Sultan II.Mustafa, Sultan III.Ahmet, Sultan III.Osman ve Sultan I.Mahmut gömülüdür. Ayrıca bir çok şehzade ve sultanların sandukaları da burada bulunmaktadır. Bu türbeye sonradan iki türbe daha eklenmiş olup, buraya Sultan Abdülmecid ve Sultan II.Abdülhamit’in şehzadeleri, sultanları, bir köşesine de Sultan V.Murat gömülmüştür. Türbenin bahçesinde ise bazı sultan ve hasekilerin mezarları bulunmaktadır.

Turhan Hatice Sultan türbesinin sağına Sultan III.Ahmet’in yaptırdığı bir kütüphane bulunmaktadır. Bu kütüphanenin kitapları, günümüzde Süleymaniye Kütüphanesindedir.

Bugünkü İş Bankası’nın sol tarafında bulunan geniş saçaklı, mermer işçiliği ve bezemesiyle dikkati çeken sebil, II.Meşrutiyetten sonra yanmış, sonradan orijinal biçimiyle yenilenmiştir.